第二代農民工及其市民化面臨的前沿而又現實的挑戰突出表現在：

（1）他們的勞動供給和就業行為明顯不同于第一代農民工。在不同時代成長的農民工有著不同的閱歷和自身不同特點，導致他們追求目標、偏好等不同，因此，僅僅將農民工視為同質群體的傳統研究方法不能了解當今農民工勞動市場的供求狀況。從經濟學的角度說，第二代農民工因為他們的效用和目標函數與第一代農民工的差異導致了他們的勞動供給函數及其在勞動力市場的供求均衡點與廠商需求之間存在“缺口”而出現“民工荒”現象。

（2）他們對社會保障的需要勝過第一代農民工。在心態和觀念上，第一代農民工更接近于農民，對城市認同感較低，即使在城市中無法生存時，還有回鄉務農的最后一條退路。第二代農民工更接近于市民，對城市的認同感較高，但與城市勞動力相比，由于缺乏必要的專業技能和進入正規就業市場的本領，心中過高的期望與所面對的非正規就業市場，形成巨大落差，在城市中無法實現真正立足，但也不愿甚至沒有能力退回到農村中務農，成為了城市和農村之間真正的“兩棲人”。第二代農民工不僅需要勞動權益的保護，而且需要社會失業救急網絡的保障。

（3）他們的市民化問題如不能順利解決，將直接關系到城鄉的社會穩定。與第一代農民工相比，第二代農民工是更需要市民化也是更容易市民化的群體。他們更加渴望城市的文明，意識和行為已接近于城市人，但因為個人、制度和市場等多方面原因依然滯留在農民工隊伍中。隨著第二代農民工進入城市的規模越來越大，如果長期不能邁過市民化這道“門檻”，累積到一定時期和規模時很有可能引發為比較嚴重的社會問題。